Avec l'organisation de la chasse et des plans de chasse, plusieurs populations se sont localement reconstituées à partir d'individus réintroduits, mais avec un appauvrissement génétique supposé important par rapport au patrimoine génétique des populations préhistoriques.
Le cerf est un des premiers animaux terrestres européens considérés non menacés à avoir fait l'objet d'études ADN (par exemple sur le massif de Saint-Hubert en Belgique[1]), permettant d'assigner avec certitude des mues à une série ou à un trophée, d'apparier les parties d'animal qui auraient fait l'objet de trafic ou braconnage. On a aussi pu démontrer l'existence de trois sous-populations wallonnes génétiquement isolées en raison des barrières autoroutières. Un poil ou un morceau de viande crue saisis dans un restaurant ou un véhicule suffisent à déterminer l'espèce, le sexe, et là où des études antérieures existent (en Wallonnie par exemple), la provenance de l'animal...
Dans de nombreux pays, les populations de cerfs qui se sont reconstituées sont de plus en plus isolées par la fragmentation du paysage par les infrastructures (et parfois elles ont été maintenues dans des surfaces encloses), sur des territoires parfois restreints où elles survivent grâce à l'agrainage et parfois en surexploitant les sous-bois.
Dix-huit cerfs parmi cinquante issus d'une population du Nord de l'Allemagne ont fait l'objet d'une analyse génétique[2]. Cette population est supposée écologiquement isolée des autres populations par des infrastructures routières depuis 30 à 40 ans, et de nombreux cerfs dans ce groupe sont affectés d'une malformation génétique rendant leur mâchoire inférieure plus courte d'environ 5 cm par rapport à la supérieure. L'analyse génétique a confirmé la perte de diversité génétique du groupe, avec une perte d'hétérozygotie d'environ 7 % à chaque génération. C'est sept fois plus que dans la population voisine d'où elle est originaire, et cela rend ce type de population d'autant plus vulnérables aux anomalies génétiques qu'en l'absence de grands prédateurs, les animaux sont moins mobiles, plus sensibles aux parasites et échappent aux processus de sélection naturelle

