Il y a 100 000 ans, le bouquetin vivait dans toutes les régions rocheuses d'Europe centrale. Il est même source d'inspiration pour les hommes du néolithique qui le peignent dans de nombreuses grottes à l'instar de celle de Lascaux.
Jusqu'au milieu du XVe siècle, il était encore répandu dans tout l'Arc alpin mais le développement des armes à feu signe très vite la fin de ce fier habitant des Alpes La médecine de l'époque toute empreinte de superstitions, lui est alors fatale. Les cornes broyées en poudre sont alors utilisées comme remède contre l'impuissance, son sang comme remède contre les calculs urinaires. Enfin l'estomac est utilisée pour vaincre les dépressions. Ces croyances persistent jusqu'au début du XIXe siècle, date à laquelle on ne compte plus qu'une petite centaine d'individus recensés dans l'arc alpin français et italien alors qu'il a pratiquement disparu de la Suisse.
L'espèce doit sa survie à la monarchie italienne.
D'abord au roi Victor-Emmanuel II qui fait protéger dès 1856 les derniers individus pour sa chasse personnelle dans une réserve privée près de Valsavaranche. Ce dernier n'hésite pas à engager un corps de gardes-chasse afin de protéger les derniers bouquetins.
Avec les successeurs de Victor-Emmanuel II - les rois Humbert Ier et Victor-Emmanuel III - les achats de terre et de fermage se poursuivent dans la Vallée d'Aoste et dans le Piémont, régions dans lesquelles les bouquetins sont alors strictement surveillés, des battues annuelles étant organisées sous contrôle des gardes royaux.
Le constat de la disparition de l'espèce présenté à l'Académie Royale des Sciences à Turin conduit à la publication de l'arrêt du célèbre «patenti luogotenenziali» ou «Regie Patenti» du 21 septembre 1821 interdisant la chasse des bouquetins sur les terres royales du Grand Paradis, puis sur l'ensemble de la Maison de Savoie.
C'est pourtant une digression à ces règles d'interdiction qui va permettre la réintroduction du bouquetin en Suisse. En 1906, Joseph Bérard, descendant d'une dynastie légendaire de braconniers de la Vallée d'Aoste, s'introduit dans une des réserves royales et y capture deux jeunes femelles et un mâle qui sont introduits en fraude en Suisse, où ils serviront à la constitution d'une colonie.
En 1922, la réserve royale du Grand Paradis devient parc national italien. En France, il faut attendre l'année 1963 pour voir la création du Parc national de la Vanoise dont il devient l'emblème.
Ce n'est cependant qu'en 1981 qu'une loi de protection de la nature en date du 10 juillet 1976 vient le protéger intégralement sur tout le territoire national.
Aujourd'hui les Alpes françaises abritent 10% de la population européenne de bouquetins, soit environ 3000 animaux, et c'est le Parc national de la Vanoise qui abrite la plus grande population estimée à environ 2000 individus.
